Un grupo de expertos liderados por el arquitecto Dr. Francisco Pérez de Salazar y supervisados por el Instituto Nacional de Antropología e Historia, fueron los encargados de la intervención y transformación arquitectónica de la antigua Hospedería de Santo Tomás de Villanueva para desempeñarse como museo.

En el proceso de los trabajos de restauración, el equipo de la arqueóloga Reyna Cedillo hizo importantes hallazgos, como los vestigios del sistema de cimentación que dan testimonio de los esfuerzos prehispánicos y virreinales por desecar el lago. Algunos de éstos quedaron registrados con testigos metálicos, entre ellos la fuente que se ubicaba al centro del patio y algunas columnas presentes en lo que hoy son las salas de exposición.

Las antiguas habitaciones del hotel fueron convertidas en las salas del museo y adecuadas para recibir exposiciones de diversa índole. En la planta baja, se adaptó el patio como un espacio para actividades culturales y eventos diversos. Finalmente, se creó una sala polivalente con un auditorio adyacente, donde se preservó un elemento constructivo original del edificio virreinal. El proyecto se enriqueció con la creación de espacios como tienda, restaurante y cafetería, para ofrecer una experiencia única al visitante.

La restauración del inmueble forma parte de un proyecto mucho más amplio de rescate de esta histórica zona de la ciudad. Con la firme convicción de incidir en nuestro entorno de manera positiva, el Museo Kaluz encabezó la rehabilitación de Avenida Hidalgo en conjunto con el Gobierno de la Ciudad de México y CORE.